La doppiezza rappresenta indubbiamente il tema portante di tutta l’opera. Il bene e il male, la "fondamentale e originaria dualità dell’uomo", sono presenti nella complessa personalità di Henry Jekyll: in lui le due facce della medaglia sono ugualmente affermate: è un’antitesi che lo affatica e lo consuma, lo porta ad essere in un perenne conflitto con se stesso. E per questo si dedicò alle ricerche scientifiche, che lo avvicinarono aduna sconcertante verità: " l’uomo non è veracemente uno, ma veracemente due"; ma la dualità umana, secondo lui, è forse un ostacolo, una maledizione per l’uomo stesso: se dovesse effettivamente avvenire una separazione tra le due entità fondamentali "la vita diventerebbe molto più sopportabile" perché ogni gemello andrebbe per la sua strada, senza ostacolare l’altro.

    Nel romanzo assistiamo quindi alla separazione di una parte dell'individuo dall'altra, il Bene e il Male hanno due esistenze distinte. Sembra che Stevenson voglia farci riflettere sulla dualità come caratteristica sempre presente nella vita umana. L'intero romanzo è uno scontro tra due posizioni antitetiche: quella tradizionale, rispettosa delle convenzioni sociali e l'altra, decisa a far prevalere il proprio piacere, la libertà degli istinti senza alcun senso di colpa. Si tratta di tematiche ben presenti nell'atmosfera culturale dell'Ottocento, non solo nel mondo scientifico con Darwin, ma anche in quello letterario. Tuttavia Stevenson prospetta una tragica soluzione: la morte di entrambe le sue creature, sia dell'uomo che della sua ombra, per un momento separatasi da lui.